HelixTree® 主要是用來分析遺傳、臨床、以及環境因素間的複雜關係，另外也可用來分析疾病狀態與藥物安全及有效性間的複雜關係。不管是在 gene discovery 、 pharmacogenetics 、 epidemiology studies 或 post market surveillance 等研究領域中，它可以處理複雜且龐大的資料。不論是統計學家、遺傳學家、流病學家、或生物學家，都可以用這個軟體做下列的研究：單變數或多變數的 recursive partitioning datamining 、 random forest creation 、 linear/logistic regression 、 linkage disequilibrium analysis 、 Hardy-Weinberg analysis 、針對 SNP/marker maps 所需的 haplotype analysis 、 haplotype trend regression 、 haplotype frequency estimation 、 SNP tagging 、 two-loci genetic association p-value plot 、 diplotype table 、以及匯入與管理 genetic marker maps 。透過複雜的程式能力， HelixTree ® 還可以和許多其他的軟體整合，例如 R 以及 S-PLUS 等。

HelixTree R 的主要功能在於分析大量的臨床試驗資料以有效地的解開存在於遺傳資訊、環境因素、藥物有效性、以及副作用之間的複雜關係。其重要應用包括：

• 決定顯型型態（ phenotype ）與基因型態（ genotype ）之間的關係
• 瞭解人類遺傳變異的作用機轉
• 發現對現有藥物有副作用的族群
• 研究更新、更有效、副作用更低的藥物