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CLCMain Workbench

Assembly Primer design RNA analysis Protein biochemistry
Alignment Cloning BLAST/DB search Import and export formats
Main Workbench DNA+RNA+Protein 序列分析軟體
 
CLC Main Workbench 的特色與優勢
CLC Main Workbench 包含了 CLC DNA Workbench 、CLC RNA Workbench 以及
CLC Protein Workbench 的所有特徵與功能。 憑藉著獨特的圖形化操作介面，使得 CLC Main Workbench 的使用者不須具備特殊的電腦技能便可輕鬆的操作軟體。使用上的所有細節則詳細的記載於使用手冊中。所有 CLC workbench 系列的產品皆百分之百相容，這項特色使得研究單位之間能夠以最高效率的方式合作，也使研究者在分享序列數據和研究結果上更為方便。

Assembly
CLC Main Workbench 讓您可以輸入、檢視、編輯並分析自動化定序儀的定序結果。下圖中的三段定序資料已被自動拼接為一段組合的序列，而在序列中每個核酸的下方皆有其相應的彩色定序圖譜；不同筆定序資料不一致的地方則會以清楚的紅色圖示標明。

Primer design
CLC Main Workbench 中 Primer design 功能以獨特的圖形互動模式，提供使用者在選擇 primer 上前所未有的全新體驗。操作時可以根據多種不同的實驗需求來設計適當的 primer 。此外，在設計時可以視所需選擇 primer 的設計區域，而所有 primer 的相關細節與特徵都會立即顯示出來，並可加以儲存。當改變 primer 的設定條件時，例如 melting temperature 及 self-annealing value ， primer 的改變與影響也會立即顯示出來。同時，也可以輕鬆設計出跨越或包含特定基因區域的 primer 。
上圖是 primer 設計的位置可擴增 exon 上已知基因變異的區域，而此 primer 長度必須介於 18 至 22 個核酸之間。所有可能的 primer 都以不同顏色的色點來顯示。綠點表示此 primer 符合所有設定的條件，而紅點則表示此 primer 至少有一項設定條件不符合。

RNA analysis
左圖中是一個 tRNA 分子預測二級結構後的結果。此結構的圖示可藉由手動旋轉 Stem 的部分，並可進行編輯。而鹼基配對的可能性可藉著不同的顏色變化清楚呈現出來。
CLC Main Workbench 在 RNA 分析方面，提供使用者清楚且完整的功能。使用者可藉著許多最佳化的演算法以及參數運算預測出 RNA 的二級結構，而其他許多來自實驗的資料也可以很輕易的加入運算當中。在 Main Workbench 中，使用者可以藉著圖形化且功能化的介面來了解並處理 RNA 二級結構的資訊。此外，使用者可以同時處理線性、平面及 2D 呈現的 RNA 序列與結構。二級結構在熱力學與統計上的各項數據也可以很方便的存取與編輯，如此一來在發表這些結果時就更加容易。

Protein biochemistry
我們在 CLC Main Workbench 中可以觀察 PDB 及 mmCIF 兩種格式的 3D 立體結構圖。此外， 3D 立體結構圖可以藉由 BLAST 同源搜尋直接由 Protein DataBank 下載。
而立體結構圖具有多種的呈現方式，欲發表成果時，即可依照需求使用多種顏色來呈現蛋白質的立體結構。

Alignment
CLC Main Workbench 與大多數的 alignment 軟體不同，可在多條比對序列中直接標示單一序列的註解。這可以輕易地辨識 alignment 結果序列上有那些特定 domain 具有保守性。
Alignment 的結果具有圖示化的 sequence logo
，可以顯示序列中高保守性的區域，此結果也可以長條圖表示。 此外，也可將 Alignment 的結果進行 Pairwise Comparison 及繪製演化樹形圖等進一步的分析。

Cloning
CLC Main Workbench 圖表化的操作模式，可大幅增進 Cloning 實驗的效率，也便於進行各種 vector 的設計與編輯。有別於其他軟體工具
， CLC Main Workbench 可以讓使用者更有效率地掌控整個 cloning 的流程。

CLC Main Workbench 可幫助使用者輕鬆地選出合適的限制酵素，並可以圖示顯示 insert 與 vector 切點相接的狀況，減少實驗的誤差。另外尚可模擬電泳圖的結果，以預估限制酵素作用後或 cloning 後產物的大小。

BLAST/DB search


CLC Main Workbench 可將 DNA 和蛋白質序列直接與 NCBI 資料庫或存取在此軟體中的資料進行 BLAST ，並以圖形化的方式呈現 BLAST 的結果，而使用者則可輕鬆地將 BLAST 後的序列下載儲存，並進一步進行註記或分析。

此外，也可將序列直接與 NCBI 上的 SNP 資料庫進行 BLAST ，結果可顯示成 Alignment 的模式並自動標示出已知的位點，亦可以表格的方式顯示 BLAST 的結果。所獲得的序列皆可儲存並進一步進行分析與註記。

Import and export formats
CLC Main Workbench 非常注重生物資訊資料的輸入與輸出。無論是 Sequences 、 Alignments 和演化樹形圖均可進行資料輸入與輸出，可輸入的檔案格式約達 30 種，其中包含可開啟 ABI 的定序原始檔，直接顯示定序圖譜。另外尚可將圖形輸出，可輸出的圖形有 png 、 jpg 、 tiff 、 pdf 、 svg 、 ps 和 eps 的格式，方便使用者進行投影片的製作或 paper 的發表。
   

 
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