CLC Main Workbench 包含了 CLC DNA Workbench 、CLC RNA Workbench 以及 CLC Protein Workbench 的所有特徵與功能。 憑藉著獨特的圖形化操作介面，使得 CLC Main Workbench 的使用者不須具備特殊的電腦技能便可輕鬆的操作軟體。使用上的所有細節則詳細的記載於使用手冊中。所有 CLC workbench 系列的產品皆百分之百相容，這項特色使得研究單位之間能夠以最高效率的方式合作，也使研究者在分享序列數據和研究結果上更為方便。
Assembly
CLC Main Workbench 讓您可以輸入、檢視、編輯並分析自動化定序儀的定序結果。下圖中的三段定序資料已被自動拼接為一段組合的序列，而在序列中每個核酸的下方皆有其相應的彩色定序圖譜；不同筆定序資料不一致的地方則會以清楚的紅色圖示標明。
Primer design
CLC Main Workbench 中 Primer design 功能以獨特的圖形互動模式，提供使用者在選擇 primer 上前所未有的全新體驗。操作時可以根據多種不同的實驗需求來設計適當的 primer 。此外，在設計時可以視所需選擇 primer 的設計區域，而所有 primer 的相關細節與特徵都會立即顯示出來，並可加以儲存。當改變 primer 的設定條件時，例如 melting temperature 及 self-annealing value ， primer 的改變與影響也會立即顯示出來。同時，也可以輕鬆設計出跨越或包含特定基因區域的 primer 。
上圖是 primer 設計的位置可擴增 exon 上已知基因變異的區域，而此 primer 長度必須介於 18 至 22 個核酸之間。所有可能的 primer 都以不同顏色的色點來顯示。綠點表示此 primer 符合所有設定的條件，而紅點則表示此 primer 至少有一項設定條件不符合。
Protein biochemistry
我們在 CLC Main Workbench 中可以觀察 PDB 及 mmCIF 兩種格式的 3D 立體結構圖。此外， 3D 立體結構圖可以藉由 BLAST 同源搜尋直接由 Protein DataBank 下載。
而立體結構圖具有多種的呈現方式，欲發表成果時，即可依照需求使用多種顏色來呈現蛋白質的立體結構。
CLCMain Workbench 
Main Workbench DNA+RNA+Protein 序列分析軟體
酸之間。所有可能的 primer 都以不同顏色的色點來顯示。綠點表示此 primer 符合所有設定的條件，而紅點則表示此 primer 至少有一項設定條件不符合。
