CLC Main Workbench 具有圖形化使用介面，輕易上手使用與操作，可快速編輯、整合並轉換各種 DNA 、 RNA 及 Protein 序列，快速進行序列的比對與分析，並可進行 SNP 及 Mutation 之偵測或建立演化樹狀圖；圖形化 primer 設計，輕鬆選取最合適的 primer ；整合限制酵素分析，輕鬆進行設計 cloning 實驗；可直接連結線上資料庫並下載搜尋資料，也能直接進行各種序列之 BLAST 並儲存結果；能預測 RNA 的二級結構並加以圖示化；可進行蛋白質結構的預測與分析等等。檔案相容性高且軟體功能涵蓋度廣，只須一個軟體即可完成所有分子生物資訊分析，是每個分子生物研究室不可或缺的強力工具。